系统科学系发展源于1998年建立的系统科学学科，近30年历程，于2023年12月独立建系。系统科学系拥有系统科学一级学科博士学位授权点、系统科学一级学科硕士学位授权点和数据科学与大数据技术本科专业，形成了本-硕-博贯通式的人才培养体系。系统科学系致力于培养具有宽广而扎实的数理基础、熟练掌握系统科学的理论和方法、精通大数据与人工智能技术，并对某一领域复杂系统的性质、特点和理论有深入的了解的高级专业人才。依托系统科学系设立了太阳集团tcy8722数据科学研究中心、太阳集团tcy8722交叉科学研究中心和系统科学国际联合研究中心等研究机构，以及复杂系统建模与调控博士生导师团队等。近5年来，承当了国家自然科学基金项目、国家重点研发计划项目课题、国防重点项目课题等20余项，在IEEE Trans系列、Physics Rewiew系列和Nature子刊等国际顶级学术期刊发表论文40余篇，在科学出版社等国家级出版社出版专著5部。系统科学一级学科博士点设有4个稳定的研究方向，即复杂系统建模与调控、系统分析与集成、动力系统与统计物理和大数据与智能系统。

 系统科学系现有专任教师20人，另有外聘博导5人。专任教师中有教授8人，副教授5人，具有博士学位的教师19人，绝大多数专任教师具有海外留学经历。通过合作研究和联合培养，系统科学系与国内外著名高校与研究机构建立了密切合作关系，包括国家气候中心、中国科学院大气物理研究所、中国科学院理论物理研究所、中国船舶集团船舶系统工程研究院、波茨坦气候研究中心、北京师范大学、香港大学、英国伦敦帝国理工学院、德国慕尼黑工业大学、卡内基梅隆大学、康奈尔大学、瑞士联邦理工学院、以色列巴伊兰大学和本古里安大学等。系统科学系设有“捞鱼河”讲坛、复杂性与地球系统科学国际暑期学校等学术交流平台，在学术界具有广泛影响。迄今为止，系统科学学科研究生和数据科学与大数据技术专业本科毕业生广泛就职于军队、政府部门、大专院校和国有大型企业或上市公司，成为各行各业技术骨干或高级管理干部。